Investigadores y técnicos de la Administración Nacional de Laboratorios e Institutos de Salud (ANLIS) "Doctor Carlos Malbrán" secuenciaron los genomas completos de tres pacientes argentinos con coronavirus SARS-COV-2. Tomás Poklépovich, bioquímico y docente de la cátedra de Física de la Facultad de Farmacia y Bioquímica de la UBA, forma parte del equipo. En esta entrevista responde a cuestiones centrales de ese desarrollo.

¿Se pudo descubrir el origen a las cepas secuenciadas?

Pudimos secuenciar estos 3 genomas, el estudio es complejo, como en otros tipos de estudios científicos se apela a la estadística para obtener conclusiones. La información que tenemos de nuestros análisis es dinámica, el estudio depende de la cantidad de genomas que hayan sido secuenciados y reportados desde distintos países del mundo y eso va cambiando todo el tiempo, ocasionando alteraciones en las conclusiones. Entonces, nuestro análisis, sumado a los datos epidemiológicos que tenemos (a dónde viajaron los pacientes, si estuvieron en contacto con otras personas o no, etc.), nos permiten hoy concluir que una de las variantes secuenciadas viene de los Estados Unidos y las otras dos de Europa.

¿Qué beneficios podría aportar en el corto plazo y en el largo plazo?

Esto que atravesamos es una pandemia con “corto” tiempo de recorrido. Comenzó a finales del 2019. Ahora, definir beneficios para el corto y el largo plazo es difícil. Pero, el genoma de un virus siempre brinda información. En términos de salud pública, conocer los virus que están en el país, dónde circulan, en qué momento y ver si en su genoma existe alguna particularidad puede ayudar a tomar medidas o asesorar. Así es que, tener la secuencia del virus SARS-CoV2 de tres muestras locales que puedan evaluarse junto con los datos disponibles en la base de datos de los genomas de SARSCoV-2 que circula en otros países es particularmente relevante. En este caso, evaluando por ejemplo el corto plazo, podemos definir el origen de las cepas circulantes en el país por casos importados. Luego, sumar más genomas secuenciados por nosotros u otros centros en el país nos posibilitará, en el mediano plazo, contar con información genética que permita asesorar a otros miembros de los equipos de científicos y de salud en el diseño y la elección de buenas estrategias de salud pública en lo referido a métodos de diagnóstico.

En cuanto a los métodos de diagnóstico tenemos dos tipos: los tests serológicos, que se basan en la detección de anticuerpos y no están diseñados para detectar el virus en una etapa temprana de la enfermedad, aunque sí son muy importantes para la etapa de la recuperación. Ahora bien, para detectar el virus se usan otros métodos moleculares que muestran su presencia, basados en una región del genoma. Nosotros, al analizar el genoma completo podemos ver si esta región tiene una modificación, es decir, alguna variación que haga que el método diagnóstico deje de detectarlo. Tenemos que estar muy atentos para no caer en errores de diagnóstico. Esto es parte de lo que se llama vigilancia. Además, vislumbrando el horizonte, podemos, por ejemplo, pensar en una vacuna.

¿Qué supone este logro?, es decir la secuenciación del genoma de los virus que están en la Argentina.

Lograr la mayor cantidad de información de todas las variantes de SARS-CoV-2 que están circulando en nuestro país es, como decía, fundamental. Por un lado, asegura que se tengan en cuenta estas variantes y sean consideradas para los futuros desarrollos vacunales. Pero, siempre en la vigilancia de microorganismos es importante tener en cuenta lo global. Las enfermedades viajan con las personas, entonces, al ser una pandemia que se desarrolló en tan escaso tiempo, tan explosiva, es importante ser parte de los equipos que aportan y generan los análisis globales. Tener secuenciaciones propias es central para posicionar al país en el conjunto de naciones que luchan contra esta pandemia. Entonces, contar con datos de nuestros propios genomas virales es haber puesto a la Argentina en el mapa del estudio genómico global.

¿Serviría para hacer vigilancia del virus?, esto es, vigilancia epidemiológica.

Sí, por supuesto. Esa es la idea base. Para algunas situaciones donde la vigilancia epidemiológica tradicional no alcanza, es en el análisis del genoma donde encontramos las respuestas. El término que se está usando hoy es epidemiología genómica. La idea del equipo es ir definiendo criterios para ver qué muestras secuenciar en combinación con el servicio de Virosis Respiratorias del Malbrán. En este momento, secuenciar todas las muestras no tiene mucho sentido. Las secuenciaciones se realizarán siguiendo criterios estrictos de selección de muestras. Se debe considerar, por ejemplo, de dónde viene el paciente, si afecta más a hombres que mujeres, etc. Estos datos, junto con las secuencias genómicas, nos ayudarán a tener una representación de lo que sucede en el país y, obviamente, nos permitirá comparar los datos locales con los del resto de mundo, tomando los datos globales que necesitemos.

¿Permitiría establecer la evolución del virus local?

Sí, para esto necesitamos tener muchos más genomas de SARS-CoV-2 de circulación local secuenciados, y analizar un tiempo evolutivo considerable. Las 3 secuenciaciones realizadas provienen de pacientes aislados en marzo y, si bien están “relativamente” separados en el tiempo y geográficamente, es importante sumar más muestras para hacer estudios de mayor complejidad. Tenemos la capacidad para hacerlo.

Sos Bioquímico y docente de la cátedra de Física, ¿cuál es tu aporte en el equipo que logró la secuenciación?

El proceso de secuenciación involucra muchos pasos y actores. Básicamente, primero se toma la muestra, esto ocurre en los centros de salud. Esas muestras llegaron al Malbrán (hoy también son recibidas en otros centros de estudio del país). En el Servicio de Virosis Respiratorias, en conjunto con el Departamento de Virología, se obtiene el ARN viral, es decir la molécula que conforma el genoma de estos virus a partir de las muestras. Este paso es crítico ya que condiciona el análisis posterior.

En este marco, y dentro del grupo de secuenciación, mi trabajo comienza con el ARN aislado de cada muestra. A partir de ahí aplicamos una serie de pasos de biología molecular para amplificar este ARN, esto es, multiplicarlo para que sea más fácil procesarlo en el secuenciador. No son muchas las instituciones que tienen acceso a este tipo de tecnología. Ser Bioquímico de la Facultad de Farmacia y Bioquímica de la Universidad de Buenos Aires te prepara para estos desafíos, yo creo que el aprendizaje más importante es saber que siempre hay que estar dispuesto a aprender y formarse, el conocimiento avanza tan rápido que no es posible realizar tareas profesionales sin capacitarse continuamente. Buena parte de este aprendizaje continuo tiene que ver también con mis tareas como docente en la Cátedra de Física de la Facultad, en la cual se aprenden fundamentos básicos sobre la ciencia, cómo proceder, obtener resultados, analizarlos y arribar a conclusiones, y esto lo aplico día a día en la labor profesional. Hay otro aspecto importante vinculado a la formación que tiene que ver con la capacidad para colaborar, tenemos que entender que cada vez es más importante colaborar para obtener mejores resultados. Claramente, haber secuenciado estos 3 genomas implica el trabajo de mucha gente, en conjunto, para lograr este objetivo. Este modo de pensar y proceder es parte de lo que luego intento transmitir a nuestros estudiantes durante la cursada de Física. Ya desde el primer año, en nuestra Facultad el modo de pensar científico está presente.

¿Qué posibilidades, a partir de la secuenciación, se tiene de encontrar una vacuna o un tratamiento?

En lo que respecta a la vacuna, lo que nosotros podemos hacer, sobre la base de estos tres genomas más los que vayamos a sumar, es estar muy atentos para que los virus circulantes en el país y la región estén representados en la formulación que se genere. Hoy se están probando distintas drogas como tratamiento, pero debemos ser MUY cautelosos porque aún no hay evidencia científica suficiente para asegurar la eficacia de algún tratamiento en especial. La información del genoma podrá aportar información sobre el tratamiento, pero no es central en las investigaciones que se están llevando a cabo.